Игорь Вадимович Поляков, Александра Вячеславовна Кривицкая, Мария Григорьевна Хренова

Структура и динамика фермент-субстратного комплекса N-ацетиласпартилглутамат синтазы по данным компьютерного моделирования

Аннотация. N-ацетиласпартилглутамат – наиболее распространенный дипептид в клетках мозга, который синтезируется с помощью фермента N-ацетиласпартилглутамат синтазы. В работе использованы методы биоинформатики для предсказания структуры белка по первичной последовательности кодирующего гена, классической молекулярной динамики для получения стабильного в рамках траектории комплекса белка с лигандами N-ацетиласпартатом и глутаматом, а также методов машинного обучения для анализа, описания и отбора потенциальных реакционных и нереакционных конформаций модельной системы, описывающей фермент-субстратный комплекс. Для ряда отобранных конформаций были получены молекулярно-динамические траектории в рамках метода комбинированной квантовой и классической молекулярной механики, охарактеризован активный центр белок-лигандного комплекса и потенциальный механизм реакции.
Ключевые слова: ферментативный катализ, молекулярное моделирование, КМ/ММ, N-ацетиласпартилглутамат синтаза
DOI: 10.55959/MSU0579-9384-2-2024-65-4-284-291

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2024, том 65, № 4, стр. 284-291